Det var fra Noto den sicilianske opprørslederen Ducatius ledet opprøret mot grekerne i 452 f.kr. I 1693 ble byen totalt ødelagt av et kraftig jordskjelv og oppbyggingen ble sterkt preget av barokkens byggestil. Byen ble bygget opp av lokale bergarter som egnet seg godt til uthugde dekorasjoner, men desverre med dårlig holdbarhet for vær og naturkrefter. I de siste årene har det blitt utført et betydelig restaureringsarbeid for å bevare byen.
