Historien sier at byen ble grunnlagt i år 734 f.kr. etter at et skip med greske kolonister kom ut av kurs mens de var på vei
sørover i Italia. Dermed ble Naxos også den første greske kolonien på Sicilia.
Her finner man fortsatt alteret etter Appollon Archegetes – beskytter av alle
greske innbyggere på Sicilia. Byen regnes derfor som utgangspunktet for
alle andre greske bosetninger på Sicilia. Naxos fikk aldri noen betydelig
posisjon når det gjelder rikdom og makt, men beholdt sitt religiøse hegemoni
helt til byen ble totalt ødelagt av soldater fra Syracuse i år 403 f.kr. Man har
funnet mange oldtidsfunn i dette området, noen er bevart og ligger tilgjengelig
for publikum i byens velholdte park anlegg, mens andre er flyttet til ulike
museum inne på fastlandet.
I dag er Giardini Naxos en ferieby med egen stor havn
og mange luksuriøse hoteller. Byen besøkes også flittig av ulike cruisebåter
som trafikkerer i områdene rundt Sicilia. Fra Giardini Naxos kan man spasere
over til nabobyen Mazzaro og derfra ta en komfortabel taubanen opp til
Taormina.(Besøkt 2015 - 2023)