Salò er en gammel romersk by som ble grunnlagt under navnet Pagus Salodium. Det finnes mange spor etter den romerske perioden både i og rundt byen. Fra 1300 tallet ble Salò underlagt den mektige Visconti familien i Milano. Byen ble da en slags hovedstad i området på vestsiden av Gardasjøen og det er i denne perioden både borger og bymurer ble bygget.
I 1426 ble byen innlemmet i Republikken Venezia og det var starten på en mye roligere tidsepoke. Da Napoleon kom var det derimot slutt på Republikken Venezia og Salò ble innlemmet i kongeriket Italia etter fredsavtalen i Wien. I 1901 ble byen rammet av et kraftig jordskjelv som nesten ødela hele byen.
Under 2. verdenskrig fikk Salò en tragisk rolle i historien. Etter at Musssolini først ble arrestert og avsatt ble han frigitt av de tyske styrkene og plassert i Salò. Byen ble da hovedstad i en tysk støttet marionett stat - den såkalte Salò republikken - og i denne kortvarige fascistiske perioden ble det opprettet flere departement og statlige kontorer i byen. Det var i disse Mussolini oppholdt seg etter at han ble frigitt. Denne historiske perioden gjorde Salò til sentrum for en mørk og kontroversiell del av italiensk historie.
Da allierte styrker rykket frem i april 1945, forsøkte Mussolini å flykte til Sveits sammen med sin elskerinne Clara Petacci, men de ble innhentet og skutt av italienske partisaner (28. april 1945) i byen Mezzagra ved Como sjøen.
