Historien om Bardolino starter i forhistorisk tid, men området ble neppe særlig sivilisert før romertiden. Romerne satt sine tydelige spor rundt hele Gardasjøen og det er funnet rester av strukturer og gjenstander som viser at det har vært en betydelig romersk aktivitet langs hele sjøen.Etter Romerrikets fall var Langobardene blant de germanske stammene som kom nordfra og slo seg ned i området. Navnet Langobard betyr omtrent “mennesker med langt skjegg” og dette har nok og gitt navnet til regionen Lombardia. Gardasjøen er delt mellom regionene Veneto i øst, Lombardia i vest og Trentino i nord. Navnet "Bardolino" antas å ha en langobardisk opprinnelse som muligens betyr "lite sted for langobardene”
På 900-tallet var det invasjon av ulike grupperinger fra Ungarn. Kong Berenger II av Italia (konge fra 950 til 961) gjorde lite for å stoppe dette. Dette medførte at de lokale innbyggerne satte opp flere store festningsverk rundt sjøen. Slottet i Bardolino ble sannsynligvis satt opp i denne tidsperioden. Parallelt med dette bygget en av de rikeste kjøpmennene i Verona - den berømte Scaligeri familien - den ikoniske borgen i Sirmione. Andre eksempel er byen Lazis som delvis også ligger innenfor høye bymurer med betydelige festningsverk.
Mens mye av de opprinnelige festningsverkene er nå borte, bortsett fra deler av bymuren fra 1100-tallet. To byporter står fortsatt, «Porta San Giovanni» (i nord) og «Porta Verona» (i øst). Den eldste kirken i byen heter San Zevno og den ble bygget sent på 900 tallet.
En fremtredende bygning i Bardolino er restene etter det skjeve tårnet ved havnen. Dette var en del av av en middelalderborg som lå i dette området. Det står også et eldgammelt steinbord ("La Preonda") i havneområdet og dette ble en gang brukt av fiskere og som møtested for befolkningen. I dag er dette spesielle bordet blitt et symbol på Bardolinos historie….
Under Napoleonskrigene ble det som var igjen av «Lombardia-Venezia-Bardolino regimet» satt under østerriksk styre. Under den første italienske uavhengighetskrigen (1848) gjorde Bardolino et kort opprør mot østerrikerne, men det var ingen stor suksess. Allerede i 1866 ble provinsen Lombardia tatt inn i det nye kongeriket Lombardia.
På 1900-tallet var det en betydelig vekst i turismen rundt Gardasjøen, og Bardolino ble et populært reisemål, kjent for sin beliggenhet ved sjøen, sin Bardolino-vin og ikke mist en stor olivenoljeproduksjon.
