Botnhamn ligger omtrent midt i Stønnesbotnfjorden øst på Senja, ca. 300 km. nord for Polarsirkelen. I dag regnes ofte Botnhamn som "endestasjon" på den nasjonale turistveien på Senja. Det er like vel mulig å reise videre med fergeforbindelsen til Kvaløya. Da er du i Tromsø i løpet av ca. 1,5 timer. Det sies at i Botnhamn på østsiden av Senja har varme somre og lange, mørke vintre - men de mangler de karakteristiske spisse fjellformasjonene.
Botnhamn var opprinnelig et gammelt gårdstun nevnt i historiske skrifter helt tilbake til 1370. Den gangen het stedet Stufunes. Her er det og gjort arkeologiske funn fra både steinalder, jernalder og middelalder. Det mest kjente funnet er Sølvskatten i Botnhamn fra ca. år 1000. Man antar at gårdstunet i Botnhamn en gang har vært et høvding dømme som omfattet begge sider av ytre Malangen fjord. På 1600 tallet var Botn et fogdegods. I dag er det ca. 300 fastboende i bygden.