Tharros ble opprinnelig anlagt av Fønikerne, sannsynligvis ca. 800 år f.kr. Under den puniske perioden (frem til år 238 f.kr.) ble byen raskt en av de viktigste byene på Sardinia. En spesiell kuriositet fra denne tiden er at gravplassene var under åpen himmel - man begravde ikke de døde, men brant dem opp på det man lenge hadde antatt var en urgammel offerplass i nærheten av noen oldtids Nuragier (se egen beskrivelse). Opprinnelig lå det 2 byer her, Capa San Marco og San Giovanni. Tharros hadde en velfungerende infrastruktur, bl.a. med fordeling av rennende vann, et velfungerende kloakksystem under brolagte bygater, flere imponerende tempel, tre varme badeanlegg og et stort imponerende amfiteater der tribunene er hugget rett ut av fjellet. Under den romerske perioden fikk byen en kraftig oppblomstring, men under den påfølgende kristne perioden startet forfallet. Et av de romerske badene ble bygget om til kirke og like etter startet fraflyttingen - uten sammeheng forøvrig. I år 1071 e.kr. var byen helt forlatt.
