Heraklion er den største byen på Kreta og den regnes som «hovedstaden» på øyen. Den er også den 4. største byen i hele Hellas. Heraklion ble grunnlagt av arabiske sjøfarere som kom fra Spania. Da de gikk i land rundt år 824 bodde de lokale folkene stort sett i og rundt Gortyna, men araberne ville heller bo ved havet - der hvor havnebyen Heraklion ligger nå.
En gang i den tidlige perioden ble havnen i Heraklion helt ødelagt av en tsunami som oppsto etter vulkanutbruddet på Santorini og da ble også det meste av Kreta helt dekket av vulkansk aske. Etter denne episoden var Kreta lenge en fattig øy som stort sett ble brukt som ladested for sjørøvere. Ikke før Bysanterne gikk i land i år 960 ble det noe særlig orden på forholdene. Etter dem kom Venzianerne i 1220 og Ottomanerne rundt 1664, men de måtte sloss i 21 år før de fikk overtaket på Kreta. I 1856 var det et nytt stort jordskjelv på Kreta. Denne gangen ble 3.600 hus ødelagt og det var bare 12 hus på hele Kreta som ble stående uskadd.
Heraklion er også kjent for det store minori palasset fra bronsealderen. Dette er fra den første minoriske perioden (fra 3500 til 2100 f.kr.). I følge historien ble palasset Knossos bygget av kong Minos. Han fikk bygget en stor labyrint der de som gikk inn aldri kom ut igjen. I følge sagnet skal det visstnok ha vært et slags skummelt uhyre inne i denne labyrinten. I 1913 ble Kreta innlemmer i kongeriket Hellas og 1971 og da ble også hovedstaden på Kreta flyttet fra Chania tilbaketil Heraklion.
